הספר הגיוני משה מחולק לשלשה חלקים. חלק ראשון- "לעומק המקרא"- שיחות של הרב על התורה. בהסבריו חותר הרב להבין את העומק שטמון בדברי התורה וחז"ל חלק שני- "למועדי ישראל ומשמעותם"- שיחות של הרב על המועדים. הסברים מעמיקים על מועדי השנה. חלק שלישי- לבעיות הזמן"- מבחר מאמריו וכתביו של הרב מאמרים וכתבים בשאלות יסודיות כגון, שירות צבאי לתלמידי ישיבות , שיבוט גנטי, היחס למדינה ועוד.