לאחר חטא המרגלים, ולאחר ששמעו ישראל את העונש שנגזר עליהם שלא להיכנס לארץ, קמה קבוצה שהתעקשה לעשות מעשה ולעלות לארץ ישראל תיכף ומייד: "ותענו ותאמרו אלי חטאנו לה', אנחנו נעלה ונלחמנו ככל אשר ציוונו ה' אלקינו, ותחגרו איש את כלי מלחמתו ותהינו לעלות ההרה. ויאמר ה' אלי, אמור להם לא תעלו ולא תילחמו כי אינני בקרבכם, ולא תנגפו לפני אויביכם" (א, מא-מב). משה רבינו ממשיך ומספר כיצד האנשים האלה לא נשמעו לאזהרה, ואיך למרות הכל הם עלו להר ונלחמו, וסופם המהיר היה שנהרגו כולם בידי האמורי.

מדוע חטאם של 'המעפילים' הוא חמור כל כך עד שכל השותפים לו מתו?

מסביר בעל 'העמק דבר': "כל זה היה תוכחה לישראל, אשר כמו שאין להמרות פי ה' בהפקרא וקלות ראש נגד רצונו, ככה אין לעשות נגד רצונו עניין הדומה למסירת נפש למלאות כבודו ורצונו ית'. ...וכך עלה למעפילים שהפצירו לעלות ולעשות רצונו ית' בעת שהוזהרו שלא לעלות". כלומר, גם אם אנחנו מוכנים למסור את הנפש בשביל הקב"ה, אנחנו מוכרחים לוודא ולהיות בטוחים שזהו אכן רצונו. המעפילים טעו בזה, כי הרי הוזהרו שלא לעשות כן וכי אין זה הזמן הראוי להילחם על כיבוש הארץ!

המלבי"ם והרש"ר הירש מסבירים שיתכן והרצון של המעפילים לכבוש את הארץ היה חיובי, והיה בזה אף מעין תיקון וחזרה בתשובה מחטא המרגלים, אך חטאם היה בכך שהם חשבו שיצליחו בכך בכוחות עצמם ללא סייעתא דשמיא. עניין זה אכן אינו אפשרי, כי עם ה' יכול להילחם ולכבוש את הארץ רק בסיוע אלוקי.

וכך כותב המלבי"ם: "והנה גם בזה היו עדיין בטעותם שמלחמה זו תהיה מלחמה טבעית..., אז אמר ה' והודיעם שבדרך מלחמה א"א שינצחו, רק אם ה' בקרבכם ינצחו בדרך נס, וכמ"ש 'שמע ישראל אתה עובר היום את הירדן לבוא לרשת גויים... וידעת היום כי ה' אלוקיך הוא העובר לפניך...".
כך הסביר הרש"ר הירש את פשט המילים "ותהינו לעלות ההרה – חגרתם איש את כלי מלחמתו וסבורים הייתם שדי בכך... זה עתה נואשתם מלכבוש את הארץ בעזרת ה', ועתה הייתם סבורים שתוכלו לכבוש אותה בלא עזרתו?!".

והנה, יש שרצו לטעון כי אף בתקופתנו חוטאת הציונות בחטא 'המעפילים', בכך שהעפילה לעלות בכוח ארצה ללא 'אישור' משמים. הם אף מביאים ראיה לשיטתם מן הגמרא הידועה במסכת כתובות (קיא ע"א), בה נאמר שהקב"ה השביע את עם ישראל שלש שְׁבועות, ואחת מהן היא 'שלא יעלו ישראל בחומה'.
אך באמת כבר נאמרו בהסבר גמרא זו תשובות רבות. אחת מהן היא שגמרא זו היא 'אגדתא' ולא הלכה, ולכן עניין זה לא נפסק ברמב"ם ובשולחן ערוך. הסבר נוסף הוא ש'שְׁבועות' הוא כינוי לגזירות אלוקיות, שכך היתה הגזירה מלפני ההשגחה שתתנהל ההיסטוריה של העולם (וכך באמת התנהלה ההיסטוריה היהודית משך מאות רבות של שנים), ואין כאן כלל איסור. לעומת זאת בעניין 'המעפילים' היתה הוראה ואזהרה מפורשת מפי הגבורה שלא לעשות כן באותה הסיטואציה, ואילו לאחר כמה שנים נצטוו ישראל לקום ולכבוש את הארץ. כיבוש ארץ ישראל זו אף מצוה שנצטווינו בה לדורות, מן התורה, והאומה הישראלית מחוייבת לציווי "והורשתם את הארץ וישבתם בה", וכפי שהסביר הרמב"ן שמצוה זו נוהגת בכל הדורות. הגזירה האלוקית על עם ישראל 'שלא יעלו בחומה' כבר נתבטלה, וכפי שההיסטוריה עצמה הוכיחה.

אך באמת נראה שמסירות הנפש של 'המעפילים' לא שבה ריקם, גם אם לא היתה ראויה. כי הנה בנות צלפחד זכו לחלק מיוחד בירושת הארץ, שלא נאמר בתחילה, וירשו את אביהן כבנים. בדבריהן למשה אמרו בנות צלפחד: "אבינו מת במדבר... כי בחטאו מת", וחז"ל ניסו לברר בעטיו של איזה חטא מת צלפחד. שיטת רבי יהודה בן בתירה היא שצלפחד היה מן המעפילים (ראה שבת צו ע"ב). יתכן שבנות צלפחד תיקנו את חטא אביהן, בכך שהבינו שכיבוש הארץ ונחלתה תהיה רק על פי פקודה אלוקית, ומשום כך זכו לרשת את הארץ בנחלת אביהן.